Detective Conan è la storia di Shinichi Kudou, studente al secondo anno della Scuola Superiore Teitan, con la passione per le indagini poliziesche. Un giorno, mentre è al Luna Park insieme alla sua amica d'infanzia Ran, nota due tipi sospetti e decide

di seguirli. Questi, appartenenti ad un'importante organizzazione criminale, accortisi della sua presenza, lo tramortiscono con un colpo alla testa per poi fargli ingoiare un veleno. Ma per fortuna il farmaco non uccide il povero Shinichi, il quale però, risvegliandosi, scopre di essere diventato un bambino di circa sei o sette anni.

Non sapendo cosa fare, Shinichi decide di andare a casa del suo vicino e amico, il Dottor Agasa il quale, venuto a conoscenza di ciò che gli era accaduto, consiglia al ragazzo di non rivelare la sua storia a nessun altro, affinchè non venga messo in pericolo.

Ormai gli abiti che ha indosso sono troppo grandi per lui così Shinichi decide di andare a casa sua per cambiarsi ma all'improvviso arriva Ran. Preso alla sprovvista quando questa gli chiede come si chiami, Shinichi si volta e legge su un libro nella libreria Arthur Conan Doyle e su un altro Edogawa Ranpo (scrittore giapponese di romanzi gialli), quindi risponde "Conan Edogawa".

La storia di base è più o meno questa. La serie, che conta oltre quattrocento episodi ed è tutt'ora in produzione, si svolge raccontando ad ogni puntata un caso dalla dinamica complicata che Conan riesce a risolvere.

In quanto anime, naturalmente non manca di parlare dei sentimenti. Le storie più importanti sono quelle tra Shinichi e Ran, Heiji e Kazuha, Satou e Takagi e, in un certo senso Kogoro ed Eri Kisaki.

Nell'idea dell'autore il protagonista doveva essere un liceale; in seguito però pensò che fosse più interessante, per lo svolgersi della storia, un protagonista bambino, per vedere in che modo poteva spiegare le sue teorie sui casi al mondo degli adulti.